La mère de Johann Sebastian mourut en 1694 et son père en 1695. Devenu orphelin; il alla vivre avec son frère ainé, Johann Christoph, à Ohrdruf où celui-ci était organiste depuis 1690. C'est de ce dernier que Johann Sebastian a reçu ses premières leçons formelles tant pour l'orgue que pour le clavecin.

En mars 1703, à l'âge de 18 ans, Johann Sebastian déniche un premier emploi: serviteur et violoniste à la cour du duc Johann Ernst of Saxe-Weimar. En août de la même année, il devient organiste à l'église d'Arnstadt.

Johann Sebastian obtient, en juin, à l'âge de 22 ans, le poste prestigieux d'organiste à l'église St. Blasius à Muhlhausen. Ainsi, après peu plus d'un an, Bach se dirige maintenant vers Weimar où il occupera le poste d'organiste et de maître de concert à la chapelle ducale. Il y restera 9 ans. Cette période verra naître ses 3 premiers enfants.

À ce stade dans la vie, Bach avait une réputation d'être un musicien au brillant talent mais d'un caractère quelque peu inflexible. Sa maîtrise de l'orgue n'avait pas d'égal en Europe. Il était régulièrement invité comme soliste virtuose. Sa maîtrise grandissante des formes de compositions, telles la fugue et le canon, suscitait l'intérêt du monde musical qui était, en ces temps, l'église luthérienne.

Sa femme, Maria Barbara, meurt le 7 juillet 1720. Bach se marie à nouveau, le 3 décembre 1721, avec Anna Magdalena Wilcken qui était de 15 ans sa cadette. Il eut 13 enfants - dont seulement 6 survivront - avec sa nouvelle femme et ce, ajoutés aux 4 qu'il eut avec sa première femme. Plusieurs de ses enfants deviendront de bons compositeurs, à leur propre mérite, surtout trois de ses fils: Wilhelm Friedmann, Carl Philipp Emmanuel et Johann Christian.

Après avoir, pendant sept ans, dirigé l'orchestre de la cour à Cothen et avoir composé pour lui, Bach se voit offrir et obtient, le 5 mai 1723, le poste prestigieux de directeur de la musique (cantor) à l'église St. Thomas de Leipzig après que ce poste eut été refusé par deux autres compositeurs (Georg Philipp Telemann et Christoph Graupner).

Le poste était très exigeant: il devait composer des cantates pour les 4 églises de Leipzig (St. Thomas, St. Nicolas, St. Peter, Neue Kirche), diriger les choeurs et enseigner le latin à l'école du choeur de St. Thomas

À partir de mars 1729, Bach assume la direction du Collegium Musicum et se concentre de plus en plus à de nouveaux projets musicaux. Durant cette période, il compose bon nombre de cantates religieuses et profanes ainsi que divers oratorios (Noël, Pâques, Ascension).

En 1736, il est nommé "Kappelmeister" et compositeur auprès de l'Électeur de Saxe, Frederick Augustus II à Dresde. Contrairement à Leipzig, Dresde possède une vie musicale intense avec beaucoup de musiciens (Johann Georg Pisendel, Pierre Gabriel Buffardin, Jan Dismas Zelenka, Johann Adolf Hasse, etc.).

Durant cette période, Bach produit entre autres, la Messe en si mineur, les Variations Goldberg, les Variations canoniques, le Clavier bien tempéré II, et l'Art de la fugue (incomplet au moment de sa mort). Bach restera à son poste à Leipzig jusqu'à sa mort, le 28 juillet 1750. Il a été un génie créateur jusqu'à la fin, et ce, malgré les problèmes de cataractes qui le rendirent presque aveugle. Selon la tradition, sa dernière composition, un prélude de choral intitulé: "Devant ton trône, je me présente, Seigneur" a été dicté à son gendre (Johann Christoph Altnickol) peu avant sa mort.