Le concile de Trente (1545-1563) vient de s’achever quand Victoria arrive dans la capitale catholique. L'influence des décisions conciliaires sur la liturgie et la musique sacrée (musique au service du texte sacré qu'elle transmet, intelligibilité de celui-ci…) est décisive sur le compositeur espagnol, ainsi que sur la plupart des musiciens actifs à Rome à cette période et que l'on regroupe sous l'appellation d'École Romaine.

Son prestigieux chef de file, Pierluigi da Palestrina, est d’ailleurs vraisemblablement l’un des maîtres de Victoria.

Ce dernier obtient des postes dans différentes églises de la cité, est ordonné prêtre et fréquente Saint Philippe de Neri et sa congrégation de l'Oratoire, à la recherche de formes de piété renouvelées. Vers 1585, il peut concrétiser le voeu qu’il nourrit depuis longtemps de retourner dans sa patrie vivre une existence plus contemplative.

Son prestige, en effet, lui vaut d'être attaché par le roi Philippe II au service personnel de sa soeur, l'impératrice Marie, veuve de Maximilien II et belle-fille de Charles Quint. Celle-ci vit retirée avec sa fille au couvent de las Descalzas Reales de Santa Clara à Madrid.

C'est en ce lieu qu'il demeure chapelain de l'impératrice jusqu'à la mort de cette dernière ainsi que maître de choeur, puis organiste du couvent. Il y termine ses jours en 1611.

Son oeuvre comporte au total environ 180 pièces, production faible pour l'époque. Elle est, en outre, exclusivement religieuse et n’utilise pas même de thèmes profanes, ce qui constitue une exception à une période où le madrigal, puis l’opéra naissant, requièrent une grande partie de l’attention des musiciens.

Son style partage dans les grandes lignes celui de Palestrina et de l'École Romaine, mais s'en distingue cependant nettement. A la fois plus sobre dans la ligne vocale et plus audacieux dans le traitement des harmonies et les contrastes contrapuntiques, il traduit le plus souvent un grand souci du texte mis en musique.

Cependant, au-delà d'une certaine recherche de "madrigalismes", c'est avant tout un climat général en rapport avec le texte qu'il cherche à créer, ainsi qu’une unité à grande échelle sur une pièce ou tout un cycle.

Victoria a su insuffler dans son oeuvre, tout entière dévouée à Dieu, son profond mysticisme et son caractère espagnol passionné. Ainsi, ses pièces révèlent fréquemment l'intensité dramatique, la ferveur et une sincérité simple et poignante.

On a volontiers associé Victoria à sainte Thérèse d'Avila, saint Jean de la Croix, à l’âme "enflammée d'amour et pleine d'angoisse"(Noche oscura), ou encore le Greco, autant de figures qui ont marqué la Contre-réforme de leur mysticisme et venaient, elles aussi, de ce fleuron de la foi catholique qu'était l'Espagne d'après le Concile de Trente.