L'île
de Philae accueillera ses premiers sanctuaires dès la XXVème
dynastie. Taharqa y fera construire un temple dédié à Amon.
Nectanebo Ier, cinq dynasties plus tard, fera construire un
sanctuaire (l'Iseum) au sud-est de l'île, détruit en partie par les
inondations de la crue du Nil, dont il subsiste un kiosque. Son
portique est supporté par quatorze colonnes campaniformes dont le dé
est orné, sur le quatre faces, du visage de la déesse Hathor en
forme de triangle.
Le temple de Philae, commencé par Nectanébo Ier et construit par
les Ptolémées, sera, pendant des siècles, le domaine d'Isis,
femme, épouse, mère universelle et magicienne qui régnait sur la
vie, la mort et la résurrection. En tant que déesse-mère, elle était
associée à l'Inondation, dispensant ses bienfaits sur l'Égypte.
Son culte sera actif jusqu'au VIème siècle après Jésus-Christ.
Selon la légende, Isis engendra Horus, fils d'Osiris, sur la colline
émergée, dont le domaine se situe en face, sur l'île de Bigeh.
Isis, après avoir rassemblé les morceaux du corps de son époux tué
par Seth, fabriquera la première momie qu'elle cachera à Bigeh. Le
grand temple de la déesse, théâtre d'importantes fêtes
cultuelles, sera l'un des sanctuaires les plus importants d'Égypte
et de Nubie. Le mythe d'Osiris restera vivace jusqu'à la
christianisation totale de la Nubie par Théodose, en 391 après Jésus-Christ.
L'empereur fera fermer tous les temples égyptiens. Le sanctuaire
d'Isis rassemblera les anciens fidèles de l'ancienne religion,
jusqu'à la sa fermeture par Justinien en 550 après Jésus-Christ.