Après avoir passé sa licence de droit (1876), il entre au Conservatoire dans la classe de Jules Massenet (1880-81) mais à la suite d'un échec, il quitte un enseignement qui ne lui convenait guère pour travailler avec César Franck dont il deviendra un des meilleurs disciples (1880-83).

En 1882, il fait le voyage à Bayreuth avec Vincent d'Indy pour assister à la création de Parsifal. L'année suivante, Duparc se joint à eux et en 1889, il y retourne en compagnie de Chabrier et de Debussy.

Vers 1890, se situent trois oeuvres importantes : Le Poème de l'amour et de la mer op 19, la Symphonie en Si bémol op 20, le Concert pour piano, violon et quatuor à cordes op 21. L'influence de Wagner ainsi que celle de Franck déterminent les éléments harmoniques et mélodiques de sa musique, toutefois, Chausson parvient à se créer un style personnel qui s'affirme dans le Quatuor avec piano op 30 (1897), et le Poème pour violon et orchestre op 25 créé la même année aux Concerts Colonne par Eugène Ysaye.

A partir de 1886, Ernest Chausson joue un rôle essentiel dans la société musicale parisienne comme secrétaire de la Société Nationale de Musique.

Il a composé relativement peu de musique, disposant de ressources personnelles et n'a jamais été obligé de trouver un emploi de musicien pour subvenir à ses besoins. Il s'était lié d'amitié avec la plupart des artistes de son temps, musiciens, poètes et peintres (Renoir, Degas, Mallarmé, Régnier, Lalo, Albeniz...).

Un accident de bicyclette survenu dans le parc de sa propriété de Limay vint interrompre brutalement une carrière qui s'annonçait riche des plus brillantes promesses.